מלחמת 6 הימים 1967

בשישה ביוני לוחמי סיירת שקד ניווטו את חיילי חטיבת הנח"ל למתחם אום-כתף באזור אבו עגילה, ואחרי כיבושו השתתפו במרדף אחר כוח שריון מצרי. הכוח העיקרי של "שקד" נכנס לפעולה רק למחרת. טנקי חטיבה 8 הובלו על-ידי הסיירת. הם נעו בעקבות המצרים, וזינבו בהם.

במאי 1967 רכז נשיא מצרים את צבאו לאורך הגבול וסגר את מצרי טירן לשיט ישראלי. בישראל הוכרז גיוס ונעשה מאמץ מדיני למנוע מלחמה.עמוס מסר את סמכויותיו לפואד וביקשו להוביל את הגדוד, לאזור ההיערכות ההגנתי שלו בגבול המצרי. פואד חשש שהוראת הפריסה ההגנתית, ופיצול הגדוד לשניים, פירושה, ש"שקד" תחמיץ את המלחמה. הוא פנה לאלוף הפיקוד והתחנן לשלב את אנשיו.

בשישה ביוני פרצו שלוש אוגדות לסיני. לוחמי הפלוגה של אלי מלמד ניווטו את חיילי חטיבת הנח"ל למתחם אום-כתף באזור אבו עגילה, ואחרי כיבושו השתתפו במרדף אחר כוח שריון מצרי. לרשות מלמד עמדו חמישים לוחמים, והוא פרס אותם במארב, עם כמה טנקים, בקרבת כביש קסיימה, אום- כתף. הכוח המצרי נכנס למלכודת והושמד. מלמד ואנשיו נכנסו בינות לכלי-הרכב השרופים, בג'יפים ובזחל"מים, וירו לכל עבר. אש תותחים נורתה לעברם והם נטשו את הזחל"ם והסתתרו בנקיק סלע, עד שמטוסי חיל האוויר חיסלו את סוללת התותחים. הם המשיכו בדרכם לתוך סיני, וחנו להתארגנות באזור תמד.
הכוח העיקרי של "שקד" נכנס לפעולה רק בשבעה ביוני. טנקי חטיבה 8 הובלו על-ידי צוותי סיור של "שקד". הם נעו בעקבות המצרים, וזינבו בהם. צוותים אלה מנו רק חלק קטן מלוחמי "שקד". השאר, כמאה לוחמים, ישבו באפס-מעשה.
בין קציני המילואים, שהצטרפו לכוח העיקרי של "שקד", היה גם סגן אמציה חן (פאצי). ביום השלישי למלחמה שלח אותו פואד, יחד עם בועז פיקלני, לפסגת הר באזור כונתילה, לצפות על מוצב מצרי.
הם נסעו בקומנדקר ובג'יפ ועליו תותח ללא-רתע (תול"ר) ונעו לעבר קבוצת חיילים. פאצי סבר שאלה חיילי מילואים של צה"ל. האש שנפתחה לעברם למדה כי אלה מצרים ופאצי ואנשיו נסוגו מהשטח. פאצי הציע לאגוף את המצרים ולהסתער עליהם מהצד, אך פואד הורה להם לשוב. לימים נודע, כי באותו שטח היו כאלף חיילים מצרים. שתי הפלוגות של "שקד" התאחדו באזור נח'ל כשאתם כמה שבויים. הם סרקו את העיירה, ונפגשו עם רס"ר קדוש, שהגיע עם דרגי התחזוקה.

בשמונה ביוני יצא צוות של מילואי "שקד", שישבו בטלים בבסיס במשמר-הנגב, בפיקוד שמחה אל-היב, לגבול רצועת עזה, לפרק מוקשים, ולתפוס חיילים מצרים שברחו לישראל. הם עלו על עקבות של כחמישים איש. העקבות התפצלו ושמחה הזעיק תגבורת. בוואדי, בקרבת קיבוץ רוחמה, נפתחה לעברם אש ממערה, שפצעה את איציק מסטבוים. רפי כץ, החובש, רץ אליו, ונפגע מצרור בכתפו. הוא חבש את איציק אך צרור נוסף הרג את שניהם. שמחה ואנשיו הסתערו, וחיסלו אחד-עשר חיילים מצריים. קומנדקר, הסתער לעבר המערה, ולוחמיו הרגו עוד שלושה מצרים, פצעו תשעה, ולקחו תשעה שבויים. לאחר המלחמה העניק הרמטכ"ל יצחק רבין לרפי כץ ציון לשבח אחרי מותו.